R, Rstudio et Markdown

Les documents RMarkdown classiques

Un document markdown peut être un document HTML, PDF¹ ou WORD.

Pour créer un document Rmarkdown il faut aller dans File > New File > R Markdown. Il vous affichera cette barre de dialogue.

Tout en haut à droite, vous pouvez spécifier le nom du document et le nom de l’auteur. Ensuite en bas à droite vous spécifiez le type de document (HTML, PDF, WORD) puis OK. Il vous créera un fichier avec un exemple comme ceci:

Le document comporte une partie entête comportant le titre, l’auteur, la date,… Cette entête doit être à l’l’intérieur de ces symboles “---”. Vous avez après les options générales des sorties R. il définit comment les scripts R seront traités dans le document. Il vient ensuite le corps du document. Les titres de sections sont préfixés d’un ou plusieurs #, selon le niveau de profondeur du titre. Par exemple, pour un titre de niveau 1, on écrira # Titre de niveau 1, alors que pour un titre de niveau 2 on écrira ## Titre de niveau 2 (à ne pas confondre avec le symbole de commentaire des scripts R).

L’insertion de blocs R dans un document Rmarkdown, se fait grâce à la synthase:

```{r}

```

Lorsque vous commencez à écrire votre document markdown, il faut enregistrer le fichier dans votre répertoire. On décide de l’appeler Premier_Rmarkdown. Les fichiers Rmarkdown ont pour extension “.Rmd”. Pour compiler le document on clique sur le bouton . On obtient une sortie Html comme ceci:

Ce tutoriel devrait vous permettre de vous familiariser rapidement à l’univers markdown.

Les Notebooks R

Un Notebook R est un document RMarkdown avec des blocs qui peuvent être exécutés indépendamment et de manière interactive. Les sorties sont visibles immédiatement dans le Notebook. Le but d’un R Notebook n’est pas de produire un beau document de présentation; c’est plutôt un document de travail. Il vous permet de travailler et de documenter votre travail.

Le notebook se situe donc entre un pur script R et un Rmarkdown bien élaboré. Il a l’avantage d’être isolé, auto-portant et une exécution plus rapide.

Lorsque vous enregistrez un notebook, un fichier .nb.html est créé à côté de celui-ci. Ce fichier est un fichier HTML autonome qui contient à la fois une copie rendue du Notebook avec toutes les sorties de bloc actuelles et une copie du document .Rmd lui-même.

Pour créer un R notebook, allez dans File > New File > R Notebook

Comme vous pouvez le remarquer, à la place du Knit d’un Rmarkdown classique vous avez plutôt un Preview. Enregistrez le fichier (mon premier markdown par exemple). Un fichier .nb.html est créé.

En cliquant sur Preview vous ouvrez le fichier mon premier notebook.nb.html. Dans le html qui est généré, vous avez en haut à droite le bouton Code. Avec ce bouton vous avez la possibilité d’afficher ou de cacher tout votre code. Vous pouvez également télécharger le fichier .Rmd associé.

A Savoir : Le Preview ne compile pas votre notebook. Il restitue votre notebook tel que vous le voyez dans Rstudio sous un format html. Ainsi, un bloc R qui n’a pas été exécuté dans Rstudio ne le sera pas dans la sortie html

Les documents Interactifs

R Markdown a été étendu pour prendre en charge des documents interactifs. Vous pouvez désormais créer des documents qui permettent aux utilisateurs de modifier les paramètres sous-jacents à votre analyse et de voir immédiatement les résultats.

R Markdown tire parti de Shiny (Voir section Framework shiny) pour rendre cela possible.

Pour créer un document interactif aller dans File>New File>R Markdown.

Dans la barre de gauche choisissez Shiny. Donnée un titre à votre document dans Title puis OK

Un fichier “Untitled.Rmd” est créé. Il faut l’enregistrer puis cliquer sur .

Vous venez de créer un document interactif inclus par défaut dans R Studio.

Pour plus de détails et aller plus loin consulter cette page: Document Shiny

flexdashboard : un Rmarkdown particulier

Avec Rmarkdown, on a la possibilité de faire des documents sous forme de tableau de bord (dashboard) avec pas mal de possibilité grâce à la librairie flexdashboard.

Vous pourrez ainsi :

• Créer des groupes de visualisations de données sous forme de tableau de bord.

• Intégrer une grande variété de composants comme des htmlwidgets, jauges et boîtes de valeur, des annotations de texte,

• Configurer facilement l’affichage et redimensionner les composants intelligemment pour remplir le navigateur et adapter à l’affichage sur les appareils mobiles.

• Faire de la mise en page sous forme de storyboard pour présenter des séquences de visualisations et des commentaires associés.

• Utiliser éventuellement Shiny pour dynamiser les visualisations.

Pour créer un flexdashboard, il faut aller dans File>New file>R Markdown. Dans la barre de gauche, cliquez sur From Template puis sur Flex Dashboard et OK.

Un fichier “Untitled.rmd” est créé. Changer le titre de votre document en ligne 2 en “Mon tableau de bord”. Enregistrez le puis compilez le .

Vous devriez avoir ceci :

Vous venez de créer un tableau de bord avec une large colonne nommé Chart A a gauche et une petite colonne divisé en deux (Chart B et C). Bien entendu vous pouvez customiser votre tableau de bord comme vous voulez. Référez-vous à Using et Layout pour voir toutes les possibilités que vous offre flexdashboard.

Vous pouvez également inclure des programmes shiny (flesdashboard avec shiny) pour les rendre dynamiques ou des htmlwigdgets.

Les Présentations

Faire vos présentations dans Rstudio peut s’avérer très intéressant et à terme plus pratique pour vous que powerpoint ou beamer.

Voici quelques avantages de faire vos présentations dans Rstudio :

• Visualisations interactives : tout ce que vous pouvez créer dans R peut être placé dynamiquement dans votre présentation. Cela signifie que tous les graphiques, cartes interactifs, que vous pouvez créer en R peuvent être une partie vivante de votre présentation - elles permettent des présentations beaucoup plus attrayantes,

• Inclure des résultats et du code facilement et lisible

• Ne nécessite qu’un navigateur pour ouvrir - ne nécessite pas Adobe, Powerpoint, ou toute autre chose

• Garantie que le code que vous avez inclus donne les résultats affichés

• Les options de visualisation ne sont limitées que par ce qui est possible dans R.

De manière générale, tout ce que vous pouvez faire de dynamiques (htmlwidgets pour R, applis Shiny peuvent s’intégrer dans votre présentation. Plus besoin de capture d’écran d’un extrait de votre travail…

Pour créer une présentation : File>New File> R Markdown. Dans la barre de gauche, cliquez sur Presentation_. Donnez-lui un nom puis OK.

Enregistrez votre fichier puis compilez.

Cette présentation est le format classique. En lisant ce tutoriel, vous devriez être plus à même de customiser vos présentations.

A Savoir : Il existe plusieurs formats de présentations prédéfinis. Trois sont natifs Rmarkdown (ioslide, slidy et beamer). D’autres librairies sont téléchargeables. Revealjs et Xaringa sont deux librairies interréssentes que nous vous conseillons de tester.

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